1552 年10月6日利玛窦出生于意大利马尔凯州的马切拉塔。
从 1561 年起开始在马切拉塔的耶稣会寄宿学校学习，七年之后他父亲把他送到罗马学习法律 ，并希望利玛窦在法律领域取得成就 。三年之后，利玛窦中断了学习，违背了他父亲的愿望，进入耶稣会实习。由于成绩优良，在托斯卡纳的一个寄宿学校度过了几个月的时间。为利玛窦在罗马寄宿学校学习人文和科学奠定了基础。
1577 年利玛窦被派往东方传教，来到了西班牙里斯本。从那儿的港口，利玛窦等待前往印度的船只。在科英布拉的寄宿学校等待出发的 六个月里 ，开始学习神学。
1578 年利玛窦从里斯本出发， 9 月13 日到达印度果阿，继续学习神学，在果阿和柯枝的寄宿学校教授学生 人文科学 。 1580 利玛窦年被授予神职神父，他接到命令前往澳门帮助罗明坚进入中国的尝试。
1583 年 9 月利玛窦与罗明坚进入中国 ，在肇庆建立了第一个传教驻地，利玛窦出版了第一份中文世界地图，并用中文和罗明坚起草了第一部《祖传天主十诫 》 。 经过了几次尝试，利玛窦和罗明坚没能建立起新的驻地。罗明坚被教皇召回罗马安排教皇使节去见中国皇帝，而利玛窦和麦安东神父继续留在肇庆。
1589 年 广东新任总督把传教士驱逐出肇庆。经过多方努力，利玛窦得以被派往韶州，在那儿他建立了第二个传教驻地。
1594 年利玛窦和中国的一名被派遣到朝鲜边境的将军一起，初步尝试进入北京。但到达南京，又不得不返回了驻地。 1595 年利玛窦在南昌停留，在那儿建立了第三个传教驻地，并出版了第一部中文著作《交友论 》。在 1597 年利玛窦被任命为中国传教的主管。
1598 年利玛窦和礼部尚书 王忠铭 一起到达北京，但由于朝鲜战争而被迫离开。在 1599 年利玛窦定居在南京，并建立了第四个传教驻地。
1600 年， 利玛窦 再次出发前往北京，但是被当权宦官马堂在途中抓住，利玛窦被关押到天津的城堡里，直到 1601 年。 在同一年，利玛窦作为欧洲使节被召命带进紫禁城。在那儿，他将一直拥有朝廷的俸禄，生活到临终。
从 1602 到 1605 年，利玛窦做了很多伟大功绩。 出版了第三版中文世界地图起名为《两仪玄览图》，以及其他著作如 《天主实义》，《天主教要》和《二十五言》。 1607 年利玛窦与朋友徐光启合作，出版了欧几里德《几何原本》的前六回的译本。
1608 年印刷《畸人十篇》，并在同年开始编纂他的历史著作，《基督教远征中国史》。两年之后，即 1610 年 5 月 11 日，因病卒于北京。在中国历史上第一次皇帝允许了一个外国人在中国领土安葬。
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